I Programmi Esecutivi di collaborazione bilaterale (Protocolli governativi) rappresentano la fase operativa dei Protocolli già sottoscritti dal Governo italiano con Paesi parnter stranieri e prevedono l'attuazione di una serie di attività congiunte, concordate tra i due Paesi firmatari del Programma.
La sottoscrizione di un Programma Esecutivo di Collaborazione Scientifica e Tecnologica (che ha prevalentemente durata triennale ed è rinnovabile) è preceduta da una fase preliminare, durante la quale i ricercatori italiani e del Paese straniero cofirmatario del Programma possono presentare Progetti congiunti di ricerca, chiedendo che detti Progetti vengano inseriti nel Programma Esecutivo, al fine di poter ottenere un contributo finanziario per la mobilità dei ricercatori.
In alternativa alla presentazione dei Progetti congiunti di ricerca sopra citati, è possibile segnalare Progetti congiunti di ricerca con iniziative di particolare rilevanza, che rispetto ai primi sono più onerosi, in termini finanziari e di numero di ricercatori coinvolti. Il Ministero degli Affari Esteri Italiano potrà coofinanziare tali progetti, entro i limiti dei fondi disponibili, durante il periodo di validità del Programma Esecutivo, a condizione che essi siano inseriti nel Programma stesso.
Per poter realizzare i progetti accolti, viene assegnato un contributo destinato a viaggi e soggiorni brevi (dieci giorni) o lunghi (uno, due, tre mesi) presso le Istituzioni scientifiche del paese partner.
Normalmente la parte italiana finanzia i viaggi dei ricercatori italiani e il soggiorno dei ricercatori stranieri, mentre la controparte finanzia il viaggio dei ricercatori del proprio Paese e il soggiorno dei ricercatori italiani.
Sul sito del Ministero degli Affari Esteri è pubblicato un elenco
, suddiviso per Paese, di tutti i Programmi Esecutivi, Culturali Scientifici e Tecnologici firmati dal Governo Italiano; all'interno di ogni voce vengono indicati i progetti selezionati e le norme per l'utilizzazione del finanziamento assegnato.
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