Le attività di ricerca si svolgono all'interno di specifiche strutture, che si distinguono per differenti modalità operative e finalità.
Nello schema proposto, i dipartimenti sono strutture organizzative della ricerca scientifica in settori disciplinari omogenei per fini o per metodo, gli istituti sono strutture comprendenti professori e ricercatori che svolgono attività di ricerca con finalità autonome o in gruppi limitati. Accanto a queste due tipologie fondamentali, nelle quali operano, rispettivamente, i tre quarti e il restante quarto dei docenti e ricercatori dell'ateneo, esistono altre categorie di Centri definiti dallo Statuto, sedi di specifiche attività di ricerca.
La pagina comprende l'elenco delle diverse tipologie di strutture finalizzate alla ricerca.

Centri di eccellenza: centri di ricerca al cui finanziamento partecipa il Ministero per la Ricerca, avendone verificato un insieme di requisiti che ne attestano il carattere interdisciplinare, l’attenzione per le ricadute sul piano produttivo e il prestigio internazionale.
Centri interdipartimentali: centri di ricerca istituiti per progetti di durata pluriennale che coinvolgono professori e ricercatori di più Dipartimenti e/o Istituti. L'istituzione dei centri pu essere connessa alla partecipazione a progetti scientifici promossi da enti pubblici di ricerca o ad altre ricerche che l'Università svolge sulla base di contratti o convenzioni.
Centri di ricerca convenzionati: centri di ricerca che fruiscono di finanziamenti provenienti da enti pubblici o privati, istituiti con decreto rettorale su proposta dei professori e ricercatori interessati, dopo aver superato un articolato iter di approvazione.
Centri interuniversitari: centri di ricerca alla cui costituzione l'Università partecipa per il perseguimento di finalità comuni sulla base di atti convenzionali che devono essere approvati dal Senato accademico e dal Consiglio di amministrazione.
Istituti nazionali: istituti ospitati presso l'Università degli Studi di Milano per la collaborazione scientifica.