Biofisica computazionale

A.A. 2016/2017
Insegnamento per
6
Crediti massimi
48
Ore totali
Lingua
Italiano
Obiettivi formativi
Il corso intende fornire gli strumenti per poter studiare sistemi biologici con un approccio fisico, attraverso il calcolatore. Particolare enfasi sarà data agli algoritmi necessari per analizzare la dinamica e le proprietà di equilibrio di proteine. Dato che questi algoritmi sono quelli tipici della fisica molecolare e dei sistemi complessi, possono essere utili anche a studenti interessati ad altri campi della fisica.

Struttura insegnamento e programma

Edizione attiva
Responsabile
Lezioni: 48 ore
Docente: Tiana Guido
Programma
1) dinamica molecolare di polimeri nell'insieme microcanonico
integratori delle equazioni del moto
ergodicità
la temperatura
2) dinamica molecolare di proteine modello a temperatura costante
dinamica Langevin
quantità termodinamiche, transizioni di fase
termostati e barostati
algoritmi per ottimizzare la dinamica molecolare
3) metodi di sampling termodinamico
Metropolis, transizioni vetrose
metodi di tempering e multicanonici
4) dinamica molecolare di proteine in solvente esplicito
il problema elettrostatico
i potenziali semiempirici
coordinate di reazione, umbrella sampling e metadinamica
5) l'evoluzione molecolare
sampling dello spazio delle sequenze proteiche
i database di proteine
6) modelli di regolazione genetica
Prerequisiti e modalità di esame
PREREQUISITI
Il corso tratta quindi di fisica affrontata con l'aiuto del calcolatore; non è un corso di programmazione. Per poterlo seguire è necessaria una conoscenza elementare del sistema operativo linux e del linguaggio c.

MODALITA' D'ESAME
L'esame consiste in una discussione orale che verte sugli argomenti trattati nel corso
Metodi didattici
Modalità di frequenza:
Fortemente consigliata;
Modalità di erogazione:
Tradizionale
Materiale didattico e bibliografia
Note e codici possono essere scaricati dal sito
Periodo
Primo semestre
Periodo
Primo semestre
Modalità di valutazione
Esame
Giudizio di valutazione
voto verbalizzato in trentesimi
Siti didattici
Docente/i
Ricevimento:
venerdi 11-13 su appuntamento