Bioinformatics

A.A. 2016/2017
Insegnamento per
6
Crediti massimi
48
Ore totali
Lingua
Inglese
Obiettivi formativi
L'obiettivo principale del corso è quello di fornire le conoscenze algoritmiche per poter affrontare la soluzione e lo studio di problemi classici nell'ambito della bioinformatica, quali l'analisi ed il confronto di sequenze biologiche e di alberi evoluzionari.
Conoscenza dei problemi e applicazione degli algoritmi di base comuni in bioinformatica (allineamento di sequenze, similarità di sequenza, filogenesi).

Struttura insegnamento e programma

Edizione attiva
Responsabile
Lezioni: 48 ore
Programma
· Introduzione generale

Parte I: analisi di sequenza e algoritmi

· Allineamento di due sequenze
· Allineamento multiplo di sequenze
· Stringhe: similarità e distanza
· Matrici di punteggio
· Euristica: BLAST

Parte II: Filogenetica

· Dati basati su distanze
· Dati basati su caratteri, filogenesi perfetta
· Piccola parsimonia: algoritmo di Fitch
· Grande parsimonia: euristiche
Informazioni sul programma
Conoscenza dei problemi e applicazione degli algoritmi di base comuni in bioinformatica (allineamento di sequenze, similarità di sequenza, filogenesi).
Propedeuticità
Nessuna
Prerequisiti e modalità di esame
Scritto
Metodi didattici
Lezioni frontali
Materiale didattico e bibliografia
Slide delle lezioni messe a disposizione dalla docente.
Libri consigliati:
· João Setubal, João Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology (1997).
· Neil C. Jones and Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms (2004).
· Dan Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (1997).
Periodo
Primo semestre
Modalità di valutazione
Esame
Giudizio di valutazione
voto verbalizzato in trentesimi
Docente/i
Ricevimento:
su appuntamento tramite e-mail
Dipartimento di Informatica Giovanni Degli Antoni