Bioinformatica e biostatistica

A.A. 2016/2017
Insegnamento per
9
Crediti massimi
88
Ore totali
Lingua
Italiano
Obiettivi formativi
Introdurre i concetti teorici e pratici di base delle analisi bioinformatiche e statistiche utilizzate nella ricerca biomolecolare moderna.

Struttura insegnamento e programma

Edizione attiva
Responsabile
Esercitazioni di laboratorio a posto singolo: 32 ore
Lezioni: 56 ore
Programma
Bioinformatica (6 CFU):
Introduzione alla bioinformatica. Sequenziamento genomico e "next generation sequencing". Annotazione di geni e genomi. La struttura genica: introni, esoni, promotori, splicing alternativi. La struttura degli mRNA maturi eucariotici. Database biologici primari e specializzati. Browser genomici. Definizioni di similarità di sequenza, omologia, ortologia e paralogia. Allineamenti di sequenza locali e globali. Matrici di sostituzione per allineamenti di sequenze (PAM, BLOSUM). Ricerca per similarità in banche dati di sequenze (BLAST). Allineamenti multipli di sequenza. Dati di espressione. Microarray e RNA-Seq. Annotazione funzionale dei geni e gene ontology.

Biostatistica (3 CFU):
Dati (Introduzione). Statistica descrittiva. Tipi di variabili. Tabelle e rappresentazione grafica (scatterplots, istogrammi). Indici di posizione: media, mediana, moda, percentili. Varianza e deviazione standard.
Probabilità. e Probabilità condizionata. Distribuzioni di variabili aleatorie discrete e continue. Distribuzione normale. Distribuzione Ipergeometrica. Distribuzione binomiale. Distribuzione di Poisson.
Inferenza statistica (introduzione). Campioni e distribuzioni campionarie. Stima puntuale. Stima di un intervallo (intervalli di confidenza). Test di ipotesi. Inferenza sulla differenza tra medie di due campioni. Il test t di Student.
Propedeuticità
Biologia molecolare, Genetica
Prerequisiti e modalità di esame
Scritto + orale.
Metodi didattici
Il corso sarà tenuto completamente in un'aula calcolo, in ogni studente avrà a disposizione un PC. Le spiegazioni teoriche saranno alternate a esercitazioni pratiche.
Materiale didattico e bibliografia
Slide e appunti che verranno messi a disposizione dal docente.
Periodo
Primo semestre
Periodo
Primo semestre
Modalità di valutazione
Esame
Giudizio di valutazione
voto verbalizzato in trentesimi
Docente/i
Ricevimento:
Martedì o Venerdì, 15.00- 17.00
Via Celoria 26 (Dip. BioScienze) - 2B (Torre B - secondo piano)
Ricevimento:
Per appuntamento tramite e-mail
stanza 3011, III piano - Dipartimento di Informatica, via Celoria 18