Biofisica computazionale

A.A. 2018/2019
Insegnamento per
6
Crediti massimi
42
Ore totali
SSD
BIO/10 FIS/03 INF/01
Lingua
Italiano
Obiettivi formativi
Lo studente imparerà le tecniche e gli algoritmi computazionali per studiare le proprietà dinamiche e di equilibrio di modelli classici molecole e polimeri, prevalentemente di interesse biologico.

Struttura insegnamento e programma

Edizione attiva
Responsabile
BIO/10 - BIOCHIMICA - CFU: 0
FIS/03 - FISICA DELLA MATERIA - CFU: 0
INF/01 - INFORMATICA - CFU: 0
Lezioni: 42 ore
Docente: Tiana Guido
Programma
1) dinamica molecolare di polimeri nell'insieme microcanonico
integratori delle equazioni del moto
ergodicità
la temperatura
2) dinamica molecolare di proteine modello a temperatura costante
dinamica Langevin
quantità termodinamiche, transizioni di fase
termostati e barostati
algoritmi per ottimizzare la dinamica molecolare
3) metodi di sampling termodinamico
Metropolis, transizioni vetrose
metodi di tempering e multicanonici
4) dinamica molecolare di proteine in solvente esplicito
il problema elettrostatico
i potenziali semiempirici
coordinate di reazione, umbrella sampling e metadinamica
Prerequisiti e modalità di esame
PREREQUISITI
Il corso tratta quindi di fisica affrontata con l'aiuto del calcolatore; non è un corso di programmazione. Per poterlo seguire è necessaria una conoscenza elementare del sistema operativo linux e del linguaggio c.

MODALITA' D'ESAME
L'esame consiste in una discussione orale che verte sugli argomenti trattati nel corso
Metodi didattici
Modalità di frequenza:
Fortemente consigliata;
Modalità di erogazione:
Tradizionale
Periodo
Primo semestre
Periodo
Primo semestre
Modalità di valutazione
Esame
Giudizio di valutazione
voto verbalizzato in trentesimi
Siti didattici
Docente/i
Ricevimento:
venerdi 11-13 su appuntamento