Banche dati ed elementi di chemoinformatica
A.A. 2024/2025
Obiettivi formativi
Ci si propone di illustrare la struttura e l'uso di alcune banche dati in chimica, con particolare riferimento alla chimica organica, e di fornire allo studente una introduzione ai principi generali ed ai concetti di base della chemoinformatica.
Risultati apprendimento attesi
Al termine del corso, lo studente acquisisce la capacità di:
· gestire ed estrarre le informazioni chimiche contenute in diverse banche dati
· leggere e modificare i formati elettronici più comuni per definire strutture chimiche (SMILES, SDF, MOL, PDB)
· riconoscere e calcolare i principali descrittori molecolari
· costruire e valutare dei modelli multivariati
· impostare ed analizzare un calcolo di analisi conformazionale
· preparare e analizzare una procedura di virtual screening
· gestire ed estrarre le informazioni chimiche contenute in diverse banche dati
· leggere e modificare i formati elettronici più comuni per definire strutture chimiche (SMILES, SDF, MOL, PDB)
· riconoscere e calcolare i principali descrittori molecolari
· costruire e valutare dei modelli multivariati
· impostare ed analizzare un calcolo di analisi conformazionale
· preparare e analizzare una procedura di virtual screening
Periodo: Secondo semestre
Modalità di valutazione: Esame
Giudizio di valutazione: voto verbalizzato in trentesimi
Corso singolo
Questo insegnamento non può essere seguito come corso singolo. Puoi trovare gli insegnamenti disponibili consultando il catalogo corsi singoli.
Programma e organizzazione didattica
Edizione unica
Responsabile
Periodo
Secondo semestre
Le lezioni si svolgeranno in modalità sincrona utilizzando Microsoft Teams
Il materiale sarà disponibile sulla piattaforma Ariel (slides)
Il materiale sarà disponibile sulla piattaforma Ariel (slides)
Programma
Rappresentazione molecolare lineare, bidimensionale e tridimensionale: come utilizzare e codificare l'informazione per la ricerca strutturale all'interno di diversi databases
· Descrizione ed utilizzo delle principali banche di dati in Chimica (SciFinder, CSD, PDB, Reaxys, PubChem, ChEMBL) per ricerche di strutture di interesse (per similairtà, sottostruttura e struttura esatta)
· Descrizione e applicazione dei principali metodi di screening virtuale ligand-based e structure-based utilizzati nel campo del drug design:
- definizione e costruzione di un modello farmacoforico: definizione ed aspetti di analisi conformazionale
- definizione dei principali descrittori molecolari e del loro uso nei classici metodi di analisi multivariata di predizione struttura-attività (QSAR)
- accenni ai metodi di machine learning applicati alla chemoinformatica e al drug discovery
- docking molecolare
· Descrizione ed utilizzo delle principali banche di dati in Chimica (SciFinder, CSD, PDB, Reaxys, PubChem, ChEMBL) per ricerche di strutture di interesse (per similairtà, sottostruttura e struttura esatta)
· Descrizione e applicazione dei principali metodi di screening virtuale ligand-based e structure-based utilizzati nel campo del drug design:
- definizione e costruzione di un modello farmacoforico: definizione ed aspetti di analisi conformazionale
- definizione dei principali descrittori molecolari e del loro uso nei classici metodi di analisi multivariata di predizione struttura-attività (QSAR)
- accenni ai metodi di machine learning applicati alla chemoinformatica e al drug discovery
- docking molecolare
Prerequisiti
Corsi di base degli anni precedenti.
Metodi didattici
Tradizionale. Oltre alle lezioni frontali (32 ore) è prevista un'attività in laboratorio informatico (16 ore) sull'uso dei databases chimici e di un software di chemoinformatica.
Materiale di riferimento
A. Leach and V. Gillet, 'An Introduction to chemoinformatics', Revised Edition Springer 2007
A. Varnek, Tutorials in Chemoinformatics, John Wiley & Sons Ltd 2017
A. Varnek, Tutorials in Chemoinformatics, John Wiley & Sons Ltd 2017
Modalità di verifica dell’apprendimento e criteri di valutazione
L'esame è scritto (durata 2 ore).
L'esame prevede 5 o 6 domande aperte brevi volte ad accertare le conoscenze dello studente sui temi trattati nelle lezioni frontali.
Per le attività svolte in laboratorio informatico si chiede la consegna di alcuni esercizi svolti durante il laboratorio. Valutazione sul voto complessivo dell'esame in trentesimi +1, 0, -1
L'esame prevede 5 o 6 domande aperte brevi volte ad accertare le conoscenze dello studente sui temi trattati nelle lezioni frontali.
Per le attività svolte in laboratorio informatico si chiede la consegna di alcuni esercizi svolti durante il laboratorio. Valutazione sul voto complessivo dell'esame in trentesimi +1, 0, -1
CHIM/06 - CHIMICA ORGANICA - CFU: 6
Lezioni: 48 ore
Docente:
Civera Monica
Turni:
Turno
Docente:
Civera MonicaDocente/i
Ricevimento:
Dip. Chimica, edificio 5 corpo B, piano terzo stanza 3021