Simulation modeling of biomolecules
A.A. 2018/2019
Obiettivi formativi
Apprendere sintesi, applicazioni e caratterizzazione dei principali materiali inorganici.
Risultati apprendimento attesi
Conoscere i principali metodi di sintesi di cristalli singoli, materiali policristallini e film sottili e sapere le più importanti applicazioni dei materiali inorganici stessi.
Periodo: Secondo semestre
Modalità di valutazione: Esame
Giudizio di valutazione: voto verbalizzato in trentesimi
Corso singolo
Questo insegnamento non può essere seguito come corso singolo. Puoi trovare gli insegnamenti disponibili consultando il catalogo corsi singoli.
Programma e organizzazione didattica
Edizione unica
Responsabile
Periodo
Secondo semestre
Programma
Concetti di base:
- Concetti fondamentali di modellistica molecolare. Campi di forza.
- Dinamica molecolare.
- Il metodo Monte Carlo.
- Il problema del campionamento. Metodi di enhanced sampling (parallel tempering, umbrella sampling, steered molecular dynamics, metodi basati sull'equazione di Jarzynski).
- Metodi semplificati per il calcolo di energie libere di interazione.
- Analisi dei dati di una simulazione. Essential Dynamics. Communication propensity.
Applicazioni
- Analisi conformazionale basata su campi di forza.
- Approcci per generare modelli 3D di molecole flessibili di medie dimensioni.
- Computer-aided drug design.
- Docking molecolare.
- Interazioni proteina-proteina: come modellarle?
- Sviluppo di farmaci modulatori di interazioni proteina-proteina.
- Il problema del folding di proteine. Farmaci inibitori del folding.
- Concetti fondamentali di modellistica molecolare. Campi di forza.
- Dinamica molecolare.
- Il metodo Monte Carlo.
- Il problema del campionamento. Metodi di enhanced sampling (parallel tempering, umbrella sampling, steered molecular dynamics, metodi basati sull'equazione di Jarzynski).
- Metodi semplificati per il calcolo di energie libere di interazione.
- Analisi dei dati di una simulazione. Essential Dynamics. Communication propensity.
Applicazioni
- Analisi conformazionale basata su campi di forza.
- Approcci per generare modelli 3D di molecole flessibili di medie dimensioni.
- Computer-aided drug design.
- Docking molecolare.
- Interazioni proteina-proteina: come modellarle?
- Sviluppo di farmaci modulatori di interazioni proteina-proteina.
- Il problema del folding di proteine. Farmaci inibitori del folding.
Informazioni sul programma
Modalità di frequenza: fortemente consigliata
Modalità di erogazione: tradizionale
Modalità di erogazione: tradizionale
Propedeuticità
Nessuna
Prerequisiti
Modalità di esame
Orale: l'esame orale consisterà in una discussione volta a verificare la preparazione dello studente sui contenuti del corso. L'esame tipicamente comprenderà alcune domande riguardo ai fondamenti dei metodi di simulazione e alla loro applicazione allo studio di biomolecole.
Orale: l'esame orale consisterà in una discussione volta a verificare la preparazione dello studente sui contenuti del corso. L'esame tipicamente comprenderà alcune domande riguardo ai fondamenti dei metodi di simulazione e alla loro applicazione allo studio di biomolecole.
Materiale di riferimento
- M.P. Allen, D.J. Tildesley, Computer simulation of liquids.
- A. R. Leach, Molecular Modelling - Principles and Applications, Longman
- Articoli su argomenti specifici indicati dal docente durante le lezioni
- A. R. Leach, Molecular Modelling - Principles and Applications, Longman
- Articoli su argomenti specifici indicati dal docente durante le lezioni
Docente/i
Ricevimento:
Su appuntamento
Ufficio del docente (Dipartimento di Chimica- Piano Terra - Corpo B) oppure via MS Teams