Ree crispres - utilizzo dell'editing genomico mediante crispr/cas9 per la protezione di specie di interesse agrario

A.A. 2019/2020
3
Crediti massimi
42
Ore totali
SSD
AGR/03 AGR/07 AGR/12 BIO/01
Lingua
Italiano
Obiettivi formativi
L'obiettivo del corso è quello di fornire conoscenze sul funzionamento del Genome editing e le sue potenzialità nelle specie d'interesse agrario.
Risultati apprendimento attesi
L'attività integrativa prevede di fornire competenze agli studenti nei seguenti ambiti:
1) Identificazione dei geni target per la protezione delle piante di interesse agrario
2) Pianificazione di esperimenti che utilizzino genome editing
3) Analisi di sequenze derivanti da eventi di editing genomico
4) Colture in vitro
5) Fenotipizzazione della malattia
Programma e organizzazione didattica

Edizione unica

Responsabile
Periodo
Secondo semestre
Programma
Tempo richiesto:7 giorni, 50 ore di lavoro di laboratorio; 22 ore per la preparazione della relazione finale; 3 ore per la valutazione della relazione finale (totale: 3 CFU).
GIORNO 1 (8 ore). TOFFOLATTI
· Introduzione sull'interazione pianta-patogeno (2 hr)
· Inoculazioni sperimentali plasmopara (3 hrs)
· Microscopia (3 hrs)
o Stereo microscopia su plasmopara
o Microscopia fluorescenza (Piattaforma NoLimits).
GIORNO 2 (6 ore). POZZI
· Introduzione alle new breeding technique e contestualizzazione del genome editing.
· Introduzione teorica su geni di suscettibilità e knock-out
GIORNO 3 (7 ore). DE LORENZIS
· Introduzione alle colture in vitro.
· Messa in coltura di fitomeri per micropropagazione in vitro.
· Messa in coltura di gemme ascellari per la produzione di embrioni somatici.
· Identificazione e selezione di embrioni somatici nella fase globulare.
GIORNO 4 (8 ore). BRAMBILLA
· Identificazione in silico (laboratorio informatico) dei migliori target genici per un esperimento di genome editing focalizzato sulla protezione delle piante di interesse agrario (4-5 hrs)
· Selezione degli RNA guida (utilizzo di software quali Benchling);
· preparazione degli oligonucleotidi;
· assemblaggio del costrutto virtuale.
GIORNO 5 (8 ore). BRAMBILLA
· trasformazione di E. coli con i costrutti preparati;
· trasformazione di A. tumefaciens;
· agroinfiltrazione di foglie;
· screening di trasformanti mediante PCR.
GIORNO 6 (7 ore). DE LORENZIS
· Valutazione di potenziali off-target (NGS e Sanger)
· introduzione all'uso della HRM PCR per la individuazione di off-target;
· analisi di sequenza
GIORNO 7 (6 ore). TUTTI
· Identificazione progetti per studenti
· Indicazioni circa la presentazione/elaborato finale
· Successivamente, esame da parte dei docenti dei progetti preparati dagli studenti e selezione del progetto da presentare quale esempio delle attività del laboratorio CRISPres
Prerequisiti
Basi di genetica, biologia molecolare, patologia vegetale
Metodi didattici
Lezioni e laboratorio
Materiale di riferimento
Viene fornita una dispensa durante il corso
Modalità di verifica dell’apprendimento e criteri di valutazione
Gli studenti sviluppano un progetto in autonomia e lo presentano ai docenti del corso
AGR/03 - ARBORICOLTURA GENERALE E COLTIVAZIONI ARBOREE - CFU: 0
AGR/07 - GENETICA AGRARIA - CFU: 0
AGR/12 - PATOLOGIA VEGETALE - CFU: 0
BIO/01 - BOTANICA GENERALE - CFU: 0
Laboratori: 36 ore
Lezioni: 6 ore
Docente/i
Ricevimento:
su appuntamento
via Celoria, 2 - Edificio 10
Ricevimento:
Mercoledi 10-12
DISAA - Biblioteca
Ricevimento:
Lunedì ore 10.00-12.00
Edificio 21070, primo piano