Laboratorio di diagnostica fitopatologica

A.A. 2021/2022
6
Crediti massimi
64
Ore totali
SSD
AGR/12
Lingua
Italiano
Obiettivi formativi
Il corso si pone l'obiettivo di fornire agli studenti le conoscenze necessarie per la conduzione del processo diagnostico delle fitopatie. Quindi, gli argomenti trattati nel corso delle lezioni frontali e delle esercitazioni avranno l'obiettivo di formare la capacità decisionale dello studente sulle scelte che guidino la formulazione del referto diagnostico.
Risultati apprendimento attesi
Riconoscimento dei quadri sintomatologici delle principali fitopatie causate da funghi, batteri, fitoplasmi, virus e viroidi; (ii) acquisizione della capacità di affrontare le fasi del processo diagnostico: ricognizione in campo; campionamento; preparazione del campione per le analisi di laboratorio; (iii) Utilizzo delle tecniche diagnostiche per il rilevamento e l'identificazione del patogeno (metodi biologici-tradizionali, metodi sierologici, metodi molecolari); (iv) impiego dei criteri di valutazione delle tecniche diagnostiche: efficienza, specificità e sensibilità; (v) capacità interpretativa dei dati ottenuti e formulazione del referto diagnostico. 
Programma e organizzazione didattica

Edizione unica

Responsabile
Periodo
Secondo semestre
Programma
Unità 1
Verranno trattati i concetti sui quali si fonda la diagnosi delle malattie delle piante: saranno illustrati i quadri sintomatologici riferiti a malattie da funghi, batteri, fitoplasmi, virus e viroidi.
Saranno descritte le fasi principali del processo diagnostico: la preparazione della visita specialistica (ricognizione bibliografica preliminare indiziaria); l'affronto del caso; lo studio dell'area nelle sue forme di conduzione; l'anamnesi svolta mediante l'acquisizione di informazioni documentabili e "testimoniali"; il campionamento [scelta del campione significativo: selezione dell'epoca e del tessuto da prelevare, in termini di quantità e tipologia (foglia, radice, etc...)]; la conservazione, il trasporto in laboratorio e il mantenimento dei campioni freschi; la preparazione del campione per analisi di microscopia; selezione del metodo di preparazione opportuno, sulla base dei sintomi osservati e del tipo di patogeno ad essi correlabile, per saggi sierologici (preparazione per saggi ELISA) e/o molecolari (estrazione degli acidi nucleici); i criteri di scelta delle tecniche da impiegare per il rilevamento e l'identificazione del patogeno (argomento discusso ampiamente nel modulo 2); la valutazione e gli indirizzi del percorso analitico; l'interpretazione dei dati e la formulazione del referto diagnostico.
Saranno illustrate le modalità di impiego del referto diagnostico in funzione della legislazione che regolamenta il settore fitosanitario.
Unità 2
Tecniche diagnostiche:
Diagnosi sierologica
Anticorpi policlonali e monoclonali, principali test di laboratorio (ELISA, lateral Flow)
Diagnosi molecolare
isolamento e purificazione di acidi nucleici (i) DNA genomico da cellule batteriche, da micelio fungino, da tessuti vegetali (ii) RNA da tessuti vegetali da cellule batteriche e micelio fungino
ibridazione molecolare ,
Amplificazione genica principi e tecniche (PCR, Hot start PCR, RT-PCR, semi-nested e nested -PCR, Cooperational-PCR, Multiplex-PCR, immunocapture (IC)-PCR), real-time PCR (qualitativa e quantitativa), digital PCR
verifica dell'identità dei prodotti di PCR (RFLP, sequenziamento),
vantaggi e svantaggi della PCR
DNA microarray.
Geni target per la diagnosi molecolare e disegno dei primers. Geni target usati nello sviluppo di saggi diagnostici per i virus, i funghi e i batteri.
Disegno dei primers.
NGS next generation sequencing: utilizzo per la diagnosi dei patogeni


ESERCITAZIONI: Attraverso l'esposizione di casi pratici, affrontati nel corso di escursioni in campo, verranno analizzati gli elementi che determinano le scelte praticate nel processo diagnostico e nella formulazione del referto.
Saranno effettuate prove di laboratorio (ELISA, PCR) per determinare la presenza di patogeni in campioni vegetali
Prerequisiti
Sarebbe opportuno che gli studenti frequentanti il corso conoscano le nozioni di base di patologia vegetale. Infatti, nel seguente corso, non saranno affrontate le caratteristiche generali dei patogeni, ma sarà comunque richiesta (anche in sede d'esame) la loro conoscenza come base per la comprensione degli argomenti trattati nel corso delle lezioni frontali e delle esercitazioni
Metodi didattici
Lezioni frontali, Uscita didattica, esperienze in serra e in laboratorio
Materiale di riferimento
Materiale proiettato a lezione (presentazioni powerpoint) e articoli scientifici che saranno forniti dal docente e caricati sul sito Ariel.
Modalità di verifica dell’apprendimento e criteri di valutazione
L'esame è unico, quindi gli studenti che sosterranno l'esame dovranno conoscere gli argomenti trattati nelle due Unità Didattiche del corso. L'esame consisterà in un colloquio orale e saranno richiesti gli argomenti trattati sia durante le ore frontali sia durante i laboratori.
AGR/12 - PATOLOGIA VEGETALE - CFU: 6
Attivita' di campo: 16 ore
Laboratori: 16 ore
Lezioni: 32 ore
Docente/i
Ricevimento:
Lunedi dalle 10 alle 12
Palazzina 21070 (ex Patologia vegetale)
Ricevimento:
Su appuntamento via email
Secondo piano - Edificio 7, via Celoria 2, Milano (in caso di restrizioni sanitarie su Microsoft Teams)