Diagnostica avanzata di laboratorio biosanitario

Modulo Genetica Medica
Docenti: Monica Miozzo (PO MEDS-01/A), Laura Fontana (RTT MEDS-01/A)
Obiettivi formativi
L'insegnamento di Genetica medica si propone di portare gli studenti ad acquisire competenze teoriche e pratiche per la diagnostica in genetica molecolare e citogenetica; comprendere le metodologie di analisi NGS, array cromosomici e SNPs, sequenziamento Sanger; utilizzare database genetici per classificare varianti puntiformi e strutturali; conoscere esempi di test specifici nella diagnosi genetica, come fibrosi cistica e X fragile; acquisire conoscenze nella stesura di referti genetici clinici, integrando dati molecolari e bioinformatici.
Risultati di apprendimento attesi
Al termine dell'insegnamento, lo/a studente/ssa avrà acquisito conoscenze di base sui seguenti argomenti: tecniche di sequenziamento di nuova generazione (NGS); analisi di varianti puntiformi e strutturali; utilizzo di array cromosomici e SNP array per lo studio di anomalie genomiche; diagnosi molecolare delle espansioni di triplette; principi e applicazioni del sequenziamento Sanger. Inoltre, lo/a studente/ssa sarà introdotto/a alle principali tecniche citogenetiche, molecolari, e di test genetici specifici, e avrà le competenze per comprenderne i risultati. L'insegnamento offrirà, inoltre, una panoramica sul processo di refertazione clinica, e acquisirà le competenze per partecipare alla redazione di referti clinici.
Programma
Didattica formale (1,5 CFU, 12 ore):
- Sequenziamento NGS: sistema SBS (Illumina), Nanopore: output delle piattaforme, genomi, esomi e pannelli virtuali, preparazione delle librerie, caricamento campioni e analisi dei file di dati NGS, pipeline di analisi dell'esoma/pannelli con software validati in diagnostica. Uso di database per la classificazione delle varianti (ClinVar, OMIM, Varsome).
- Array Cromosomici e SNP Array: Analisi cromosomica in contesti pre- e post-natali. Classificazione delle varianti strutturali con database specifici (e.g.:DECIPHER, Clinvar) secondo la classificazione ACMG (American College Human Genetics), valutazione di disomie uniparentali con SNP array.
- Test per Espansioni di Triplette: Metodologia per la diagnosi molecolare dell'X fragile. Interpretazione dei risultati e implicazioni cliniche.
- Sequenziamento Sanger e Test Specifici: Sequenziamento Sanger con sequenziatore capillare. Test di primo livello per fibrosi cistica.
-Stesura dei Referti: linee guida, Interpretazione integrata dei risultati genetici, redazione di referti clinici.
Didattica informale (0,5 CFU, 8 ore):
-Analisi del Cariotipo: - Preparazione, ricostruzione e analisi del cariotipo mediante microscopio ottico e software dedicati.
- Tecniche FISH: protocollo ed esecuzione di FISH interfasica e su metafasi.
- Tecniche CGH array: preparazione campioni e lettura
- Test molecolari: Estrazione automatizzata DNA, valutazione della qualità mediante elettroforesi capillare automatizzata, preparazione delle librerie NGS e caricamento campioni, Esecuzione e analisi di test specifici (fibrosi cistica, X fragile).
Modulo Biochimica clinica
Docenti: Cristina Alessandra Tringali (PA BIOS-09/A), Alessandro Rufini (PA BIOS-09/A)
Obiettivi formativi
L'insegnamento di Biochimica clinica si propone di fornire agli/alle studenti/studentesse conoscenze relative al ruolo nel contesto clinico e all'organizzazione del laboratorio di biochimica clinica. Si propone di descrivere i processi diagnostici di laboratorio e di approfondire alcuni profili di tipo biochimico-clinico di rilevanza.
Risultati di apprendimento attesi
Al termine del corso, lo/la studente/studentessa apprenderà l'integrazione fra il laboratorio di biochimica clinica e clinica, comprenderà le potenzialità e i limiti diagnostici di metodiche correntemente usate nel laboratorio di diagnostica biochimica-clinica. Sarà in grado di svolgere alcune prove di laboratorio, di analizzare in modo critico, di riportare con linguaggio adeguato e di interpretare i risultati.
Programma
Didattica formale (1,5 CFU, 12 ore):
- Il ruolo del laboratorio nel contesto clinico
- Organizzazione del laboratorio biomedico
- Il processo diagnostico di laboratorio
- Machine learning e big data
- I campioni biologici per analisi cliniche
- Diagnostica ematologica automatizzata
- Interpretazione di profili biochimici complessi (lipidici, proteici e enzimatici) di rilevanza clinica
- Valutazione di parametri di laboratorio e recenti innovazioni in casi studio particolari
Didattica informale (0,5 CFU, 8 ore):
Approfondimento pratico di metodiche utilizzate nel laboratorio biochimico-clinico per l'identificazione e il dosaggio di biomarcatori circolanti (es. immunoassay, PCR, elettroforesi)

Modulo Microbiologia Clinica
Docenti: Elisa Borghi (PO MEDS-03/A), Silvia Bianchi (PA MEDS-03/A)
Obiettivi formativi
L'insegnamento di Microbiologia clinica offre la possibilità di comprendere gli aspetti relativi a un corretto approccio metodologico utilizzando metodiche avanzate di genomica e culturomica per la caratterizzazione dei principali patogeni di interesse medico al fine di ottimizzare il percorso diagnostico-terapeutico.
Risultati di apprendimento attesi
Lo/a studente/ssa apprenderà a trattare e collocare le indagini di laboratorio di microbiologia clinica e comprenderà gli esiti di tali indagini in relazione al rapporto patogeno-ospite-ambiente. Inoltre, sarà in grado di valutare l'appropriatezza della richiesta delle indagini diagnostiche, la valutazione della loro efficacia clinica e la stima dell'impatto sugli esiti della cura.
Programma
L'insegnamento prevede una parte teorica e una parte pratica in laboratorio.
Didattica formale (1 CFU, 8 ore):
1) Il ruolo del microbiologo e i percorsi diagnostici nel laboratorio di Microbiologica Clinica:
- Fase pre-analitica (dal sospetto diagnostico alla richiesta di indagine): prelievo, raccolta, conservazione e validità dei campioni biologici
- Fase analitica: diagnosi diretta e indiretta. Metodi di diagnosi diretta: colturali (tradizionali) e non colturali (rapidi). Metodi di diagnosi indiretta: le prove sierologiche. Antibiogramma: scelta degli antibiotici da saggiare; metodi per il saggio
- Fase post-analitica: referto microbiologico e sua interpretazione
2) Il ruolo del microbiologo nelle attività di prevenzione: le sorveglianze ospedaliere e le sorveglianze epidemiologiche

Didattica informale (1 CFU, 16 ore):
Comprensione dei percorsi diagnostici previsti per le principali malattie ad eziologia infettiva:
1) diagnosi indiretta di infezioni microbiche: immunodiagnostica;
2) metodiche di batteriologia classica:colture batteriche e allestimento/lettura di vetrini da matrici biologiche diverse e loro significato diagnostico;
3) biologia molecolare nel laboratorio di microbiologia: pannelli sindromici e screening per microrganismi farmaco resistenti;
4) applicazione di metodiche NGS in microbiologia: rilevazione di resistenze farmacologiche