Omics
A.A. 2018/2019
Obiettivi formativi
Il corso intende fornire le principali informazioni inerenti la genomica e gli approcci di proteomica avanzata applicati allo studio quali/quantitativo di proteine e peptidi in cellule e tessuti di diversa origine. In particolare
il modulo di Introduzione alla genomica vuole presentare allo studente i principali concetti che attengono l'organizzazione del genoma.
Si deve infatti ritenere imprescindibile, per un laureato magistrale in Biotecnologie Veterinarie, una conoscenza di base sulla dimensione del genoma, la sua organizzazione in cromosomi, il significato di linkage e di Linkage Disequilibrium. Accanto a queste conoscenze dottrinali, con il necessario corredo in modellizzazione statistica, vengono presentate concrete applicazioni in ambito zootecnico e veterinario, quali l'uso di bead chip a DNA per la valutazione genomica nei bovini oppure per l'accertamento di paternità oppure per concetti di genomica di popolazione (statistiche F).
Il modulo di Proteomica fornisce le informazioni essenziali sulle principali tecniche per lo studio dell'intero proteoma di una cellula o tessuto, per la sua caratterizzazione sia qualitativa che quantitativa e per l'analisi delle possibili variazioni in risposta ad uno stimolo. Sarà illustrato l'ampio spettro di possibili applicazioni di questo approccio partendo dalla discussione di dati sperimentali pubblicati.
il modulo di Introduzione alla genomica vuole presentare allo studente i principali concetti che attengono l'organizzazione del genoma.
Si deve infatti ritenere imprescindibile, per un laureato magistrale in Biotecnologie Veterinarie, una conoscenza di base sulla dimensione del genoma, la sua organizzazione in cromosomi, il significato di linkage e di Linkage Disequilibrium. Accanto a queste conoscenze dottrinali, con il necessario corredo in modellizzazione statistica, vengono presentate concrete applicazioni in ambito zootecnico e veterinario, quali l'uso di bead chip a DNA per la valutazione genomica nei bovini oppure per l'accertamento di paternità oppure per concetti di genomica di popolazione (statistiche F).
Il modulo di Proteomica fornisce le informazioni essenziali sulle principali tecniche per lo studio dell'intero proteoma di una cellula o tessuto, per la sua caratterizzazione sia qualitativa che quantitativa e per l'analisi delle possibili variazioni in risposta ad uno stimolo. Sarà illustrato l'ampio spettro di possibili applicazioni di questo approccio partendo dalla discussione di dati sperimentali pubblicati.
Risultati apprendimento attesi
Non definiti
Periodo: Primo semestre
Modalità di valutazione: Esame
Giudizio di valutazione: voto verbalizzato in trentesimi
Corso singolo
Questo insegnamento non può essere seguito come corso singolo. Puoi trovare gli insegnamenti disponibili consultando il catalogo corsi singoli.
Programma e organizzazione didattica
Edizione unica
Responsabile
Periodo
Primo semestre
STUDENTI FREQUENTANTI
STUDENTI NON FREQUENTANTI
Informazioni sul programma
Per l'Unità didattica INTRODUZIONE ALLA GENOMICA sono disponibili su ariel (http://ariel.unimi.it) tutte le diabolitive presentate e discusse a lezione
Metodi didattici
lezioni frontali ed esercitazioni in laboratorio
Unita' didattica: Proteomica
Programma
OBIETTIVI del MODULO:
Il corso è volto a fornire informazioni riguardanti le principali tecniche biochimiche utilizzate in proteomica
ORGANIZZAZIONE DEL MODULO:
Lezioni
Identificazione di proteine ed analisi
Estratti cellulari e sub-cellulari
Elettroforesi analitica e preparativa su gradienti di pH immobilizzati
Metodi di colorazione
Mappe proteiche ed analisi di sequenza di proteine separate su gel
Sequenza di proteine e peptidi in soluzione
Amminoacido analisi di proteine e peptidi
Microarrays di proteine
Spettrometria di massa in proteomica
Analisi quantitative mediante spettrometria di massa
Studi di modificazioni post-traduzionali mediante spettrometria di massa
Caratterizzazione di complessi proteici
Proteomica comparata
Identificazione di biomarkers ed antigeni, controllo degli alimenti
Identificazione di microorganismi mediante spettrometria di massa
Tecniche spettroscopiche in proteomica (IR, NMR, EPR)
Esercitazioni
2D elettroforesi
Spettrometria di massa MALDI
Microarrays
Il corso è volto a fornire informazioni riguardanti le principali tecniche biochimiche utilizzate in proteomica
ORGANIZZAZIONE DEL MODULO:
Lezioni
Identificazione di proteine ed analisi
Estratti cellulari e sub-cellulari
Elettroforesi analitica e preparativa su gradienti di pH immobilizzati
Metodi di colorazione
Mappe proteiche ed analisi di sequenza di proteine separate su gel
Sequenza di proteine e peptidi in soluzione
Amminoacido analisi di proteine e peptidi
Microarrays di proteine
Spettrometria di massa in proteomica
Analisi quantitative mediante spettrometria di massa
Studi di modificazioni post-traduzionali mediante spettrometria di massa
Caratterizzazione di complessi proteici
Proteomica comparata
Identificazione di biomarkers ed antigeni, controllo degli alimenti
Identificazione di microorganismi mediante spettrometria di massa
Tecniche spettroscopiche in proteomica (IR, NMR, EPR)
Esercitazioni
2D elettroforesi
Spettrometria di massa MALDI
Microarrays
Materiale di riferimento
TESTI CONSIGLIATI
Appunti, seminari e corsi on line
Appunti, seminari e corsi on line
Unita' didattica: Introduzione alla genomica
Programma
Programma del corso:
INTRODUZIONE ALLA GENOMICA
1. Genoma struttura e dimensione, differenze tra genomi, mutazioni, SNP, mutazioni causative, anonime sinonime, locus e allelia, frequenze alleliche.
2. HWE e test statistico, chi quadro, omozigosi ed eterozigosi, variazione delle frequenze alleliche per effetto della deriva genetica, distribuzione binomiale.
3. Variazione delle frequenze genotipiche per effetto dell'aumento di consanguineità, riduzione dell'eterozigosi, significato e calcolo della parentela e della consanguineità.
4. Perdita di eterozigosi, entro e tra popolazioni, distanze genetiche e statistiche F.
5. Uso di dati genomici per l'accertamento di paternità e per l'attribuzione di un prodotto (autenticità).
6. Relazione genotipo e fenotipo, effetti semplici e di dominanza, varianze ed ereditabilità dei caratteri, effetto di sostituzione genica.
7. Linkage tra due loci, disequilibrio da linkage, fase, aplotipo, frequenza di ricombinazione, correlazione tra due loci, il concetto di firme della selezione, regioni genomiche conservate.
8. Bead-chip, analisi in LD, MD e HD, associazione tra marcatori anonimi e loci di significato economico, stima dell'effetto di sostituzione genica di precise regioni genomiche, analogia col modello infinitesimale
9. Indice genomico, popolazione di training, impatto sulle popolazioni animali, riduzione dell'intervallo di generazione, uno sguardo al futuro.
INTRODUZIONE ALLA GENOMICA
1. Genoma struttura e dimensione, differenze tra genomi, mutazioni, SNP, mutazioni causative, anonime sinonime, locus e allelia, frequenze alleliche.
2. HWE e test statistico, chi quadro, omozigosi ed eterozigosi, variazione delle frequenze alleliche per effetto della deriva genetica, distribuzione binomiale.
3. Variazione delle frequenze genotipiche per effetto dell'aumento di consanguineità, riduzione dell'eterozigosi, significato e calcolo della parentela e della consanguineità.
4. Perdita di eterozigosi, entro e tra popolazioni, distanze genetiche e statistiche F.
5. Uso di dati genomici per l'accertamento di paternità e per l'attribuzione di un prodotto (autenticità).
6. Relazione genotipo e fenotipo, effetti semplici e di dominanza, varianze ed ereditabilità dei caratteri, effetto di sostituzione genica.
7. Linkage tra due loci, disequilibrio da linkage, fase, aplotipo, frequenza di ricombinazione, correlazione tra due loci, il concetto di firme della selezione, regioni genomiche conservate.
8. Bead-chip, analisi in LD, MD e HD, associazione tra marcatori anonimi e loci di significato economico, stima dell'effetto di sostituzione genica di precise regioni genomiche, analogia col modello infinitesimale
9. Indice genomico, popolazione di training, impatto sulle popolazioni animali, riduzione dell'intervallo di generazione, uno sguardo al futuro.
Materiale di riferimento
Materiale didattico fornito e trasmesso dal docente. è anche disponibile una serie di file in pdf su ariel con il contenuto delle lezioni sviluppate nel 2016.
Prerequisiti
esame scritto
Unita' didattica: Proteomica
Programma
OBIETTIVI del MODULO:
Il corso è volto a fornire informazioni riguardanti le principali tecniche biochimiche utilizzate in proteomica
ORGANIZZAZIONE DEL MODULO:
Lezioni
Identificazione di proteine ed analisi
Estratti cellulari e sub-cellulari
Elettroforesi analitica e preparativa su gradienti di pH immobilizzati
Metodi di colorazione
Mappe proteiche ed analisi di sequenza di proteine separate su gel
Sequenza di proteine e peptidi in soluzione
Amminoacido analisi di proteine e peptidi
Microarrays di proteine
Spettrometria di massa in proteomica
Analisi quantitative mediante spettrometria di massa
Studi di modificazioni post-traduzionali mediante spettrometria di massa
Caratterizzazione di complessi proteici
Proteomica comparata
Identificazione di biomarkers ed antigeni, controllo degli alimenti
Identificazione di microorganismi mediante spettrometria di massa
Tecniche spettroscopiche in proteomica (IR, NMR, EPR)
Esercitazioni
2D elettroforesi
Spettrometria di massa MALDI
Microarrays
Il corso è volto a fornire informazioni riguardanti le principali tecniche biochimiche utilizzate in proteomica
ORGANIZZAZIONE DEL MODULO:
Lezioni
Identificazione di proteine ed analisi
Estratti cellulari e sub-cellulari
Elettroforesi analitica e preparativa su gradienti di pH immobilizzati
Metodi di colorazione
Mappe proteiche ed analisi di sequenza di proteine separate su gel
Sequenza di proteine e peptidi in soluzione
Amminoacido analisi di proteine e peptidi
Microarrays di proteine
Spettrometria di massa in proteomica
Analisi quantitative mediante spettrometria di massa
Studi di modificazioni post-traduzionali mediante spettrometria di massa
Caratterizzazione di complessi proteici
Proteomica comparata
Identificazione di biomarkers ed antigeni, controllo degli alimenti
Identificazione di microorganismi mediante spettrometria di massa
Tecniche spettroscopiche in proteomica (IR, NMR, EPR)
Esercitazioni
2D elettroforesi
Spettrometria di massa MALDI
Microarrays
Materiale di riferimento
TESTI CONSIGLIATI
Appunti, seminari e corsi on line
Appunti, seminari e corsi on line
Unita' didattica: Introduzione alla genomica
Programma
Programma del corso:
INTRODUZIONE ALLA GENOMICA
1. Genoma struttura e dimensione, differenze tra genomi, mutazioni, SNP, mutazioni causative, anonime sinonime, locus e allelia, frequenze alleliche.
2. HWE e test statistico, chi quadro, omozigosi ed eterozigosi, variazione delle frequenze alleliche per effetto della deriva genetica, distribuzione binomiale.
3. Variazione delle frequenze genotipiche per effetto dell'aumento di consanguineità, riduzione dell'eterozigosi, significato e calcolo della parentela e della consanguineità.
4. Perdita di eterozigosi, entro e tra popolazioni, distanze genetiche e statistiche F.
5. Uso di dati genomici per l'accertamento di paternità e per l'attribuzione di un prodotto (autenticità).
6. Relazione genotipo e fenotipo, effetti semplici e di dominanza, varianze ed ereditabilità dei caratteri, effetto di sostituzione genica.
7. Linkage tra due loci, disequilibrio da linkage, fase, aplotipo, frequenza di ricombinazione, correlazione tra due loci, il concetto di firme della selezione, regioni genomiche conservate.
8. Bead-chip, analisi in LD, MD e HD, associazione tra marcatori anonimi e loci di significato economico, stima dell'effetto di sostituzione genica di precise regioni genomiche, analogia col modello infinitesimale
9. Indice genomico, popolazione di training, impatto sulle popolazioni animali, riduzione dell'intervallo di generazione, uno sguardo al futuro.
INTRODUZIONE ALLA GENOMICA
1. Genoma struttura e dimensione, differenze tra genomi, mutazioni, SNP, mutazioni causative, anonime sinonime, locus e allelia, frequenze alleliche.
2. HWE e test statistico, chi quadro, omozigosi ed eterozigosi, variazione delle frequenze alleliche per effetto della deriva genetica, distribuzione binomiale.
3. Variazione delle frequenze genotipiche per effetto dell'aumento di consanguineità, riduzione dell'eterozigosi, significato e calcolo della parentela e della consanguineità.
4. Perdita di eterozigosi, entro e tra popolazioni, distanze genetiche e statistiche F.
5. Uso di dati genomici per l'accertamento di paternità e per l'attribuzione di un prodotto (autenticità).
6. Relazione genotipo e fenotipo, effetti semplici e di dominanza, varianze ed ereditabilità dei caratteri, effetto di sostituzione genica.
7. Linkage tra due loci, disequilibrio da linkage, fase, aplotipo, frequenza di ricombinazione, correlazione tra due loci, il concetto di firme della selezione, regioni genomiche conservate.
8. Bead-chip, analisi in LD, MD e HD, associazione tra marcatori anonimi e loci di significato economico, stima dell'effetto di sostituzione genica di precise regioni genomiche, analogia col modello infinitesimale
9. Indice genomico, popolazione di training, impatto sulle popolazioni animali, riduzione dell'intervallo di generazione, uno sguardo al futuro.
Materiale di riferimento
Materiale didattico fornito e trasmesso dal docente. è anche disponibile una serie di file in pdf su ariel con il contenuto delle lezioni sviluppate nel 2016.
Moduli o unità didattiche
Unita' didattica: Introduzione alla genomica
BIO/10 - BIOCHIMICA
BIO/18 - GENETICA
BIO/18 - GENETICA
Lezioni: 18 ore
Docente:
Pagnacco Giulio Giorgio Alessandro
Unita' didattica: Proteomica
BIO/10 - BIOCHIMICA
BIO/18 - GENETICA
BIO/18 - GENETICA
Esercitazioni: 12 ore
Lezioni: 36 ore
Lezioni: 36 ore
Docente:
Tedeschi Gabriella
Docente/i
Ricevimento:
Su appuntamento via mail